台“国安会”表示，第三阶段政军兵推陈水扁或吕秀莲分别在主指挥所及第一预备指挥所，采同时、异地、隔离的方式，同步展开四回合的兵棋推演，各“部会首长”及“副首长”在陈水扁或吕秀莲导引下，面对想定的危机事态，考验危机决策及能力，过程“逼真顺畅”。